После обновления конфигурации приходится заново настраивать права доступа для пользователей. Используются профили, не предусмотренные изначально стандартной конфигурацией. Можно ли сделать так, чтобы это всё не сбрасывалось при обновлении?

Роли из расширения небось?

Поставляемые профили БСП при обновлении приводятся к описанию из кода, поэтому ручные правки в них и слетают. Профили, созданные с нуля своими руками, обновление не трогает.
Практически: снять с поставляемого копию как свой профиль, туда добавить что нужно и перекинуть группы доступа на него. Один раз муторно, дальше обновления его не касаются.
И (1) в тему: если роли лежат в расширении, они могут отвалиться от профиля при смене состава ролей. Это уже отдельная болячка, после каждого обновления смотреть, остались ли они в профиле.