Возникли сомнения в процедуре  учета НМА1 в составе НМА2. Поскольку НМА1 амортизируемое, то в затраты его состав НМА2  должен входить через амортизацию. 08.05(НМА2) - 02.01(НМА1). Затем при принятии к учету НМА2 в его стоимость войдет Сумма начисленной амортизации НМА1.
Или нужно всю стоимость НМА1 включать в затраты на НМА2?

НМА как и ОС уникальны. Они не могут быть вложены друг в друга.

(1) Создание программного обеспечения, используется то же программное обеспечение.

(1) Т.е. затраты включаются через амортизацию

(2) Значит это не создание НОВОГО, а апгрейд старого.

Нужна переоценка исходного НМА

Улучшение НМА.
Документ предназначен для увеличения первоначальной стоимости НМА на сумму капитальных вложений, связанных с улучшением (повышением) первоначально принятых нормативных показателей функционирования этого объекта, в момент завершения таких капитальных вложений.

Подробное описание приведено в статье Улучшение НМА в документации на сайте ИТС https://its.1c.ru/db/erpdoc#bookmark:IntangibleAssets:ImprovementOfIntangibleAssets.