Тестовая база.
Документ Начисление зарплаты. Как не удаляй - в т.ч. через Удаление объектов. Восстанавливается зараза.

Чего там навертели такого

Ну чудес же не бывает. Смотрите в сторону обменов, регламентов. Я бы для начала заблочил бы фоновые и регламентные. В ЖР посмотрел бы кто его создает.

(1)Создает его Закрытие месяца

Я конечно догадываюсь почему так. Но как же криво зарплатный блок сделан в БП

(0) Не надо удалять. Очисти список сотрудников и проведи пустой - ему для закрытия нужно, чтобы был проведен документ начисления.