(0) ну дык самое быстрое и простое - сгенерировать скрипт для SQL с отбором по организации типа
https://infostart.ru/1c/tools/1125435/
отсечь/удалить лишние организации, затем творчески почистить еще кучу регистров и справочников от "лишней" инфы, которая напрямую не связана с организацией (нет сцылок на ненужные организации, связана "косвенно" по смыслам)
Пользователей и ("Ответственных" в документах заменить) - тоже можно поудалять ненужных. Например, переименовать в Администратор и пометить на удаление. И штатной обормоткой "Поиск и удаление дублей" с заменой сцылок - заменить на Администратора, а ненужных пользователей удалить из ИБ с контролем сцылочной целостности