Главбух говорит, что поскольку резерв исчерпался, то отпускные должны теперь идти не на 96 счет, а на способ отражения. который указан в строке документа "Отражение зарплаты" в БП 3.0.
Каков порядок в данном случае, насколько это правомерно и как это можно настроить.

ГБ всегда права (с) Гена

Дополнительно ничего настраивать не надо. Давно уже всё настроено. Просто проверьте в отражении зарплаты в ЗУПе отсутствие крыжика в соответствующей строке в колонке способа отражения:
https://its.1c.ru/db/content/staff1c/src/07%20%D0%BD%D0%B0%D1%81%D1%82%D1%80%D0%BE%D0%B9%D0%BA%D0%B0%20%D1%83%D1%87%D0%B5%D1%82%D0%B0/_pictures/%D0%B1%D1%83%D1%85%D1%83%D1%87%D0%B5%D1%82_%D1%83%D1%87%D0%B5%D1%82%20%D1%80%D0%B5%D0%B7%D0%B5%D1%80%D0%B2%D0%BE%D0%B2_2022_zup30/%D1%80%D0%B8%D1%81_13.png

Спасибо, Гена.