ВЫБРАТЬ
    ХозрасчетныйВидыСубконто.Ссылка КАК Ссылка
ИЗ
    ПланСчетов.Хозрасчетный.ВидыСубконто КАК ХозрасчетныйВидыСубконто
ГДЕ
    ХозрасчетныйВидыСубконто.ВидСубконто = ЗНАЧЕНИЕ(ПланВидовХарактеристик.ВидыСубконтоХозрасчетные.БанковскиеСчета)
    И НЕ ХозрасчетныйВидыСубконто.Ссылка.Забалансовый

УПОРЯДОЧИТЬ ПО
    Ссылка

Пустой результат запроса.
В других базах с такой же конфигурацией все нормально: выводит 51 и др.
Не могу понять как такое получилось и как исправить.

Криво обновились, восстановить копию.

Нашел.
ПланВидовХарактеристик.ВидыСубконтоХозрасчетные.БанковскиеСчета задвоенные были. Причем оба были предопределенные.

Зря сделали в платформе возможность программно задавать предопределенность..