Сейчас код такого вида: "...LoadCfg "ПутьКРасширению" -Extension "ИмяРасширения""
Он работает, загружает/обновляет расширение, но я нигде не нашёл информации каким образом убрать при загрузке галки с "Безопасный режим" И "Защита от опасных действий".
Может кто-то знает как это реализовать?

Новые команды
Поскольку мы сами используем режим агента конфигуратора в среде разработки EDT, у нас существует потребность в выполнении некоторых операций, недоступных в пакетном режиме. И ряд таких новых команд для управления расширениями конфигурации мы реализовали именно и только в режиме агента:

Создать расширение (config extensions create) - создаёт пустое расширение;
Удалить расширение (config extensions delete) - удаляет расширение из информационной базы;
Получить свойства расширения (config extensions properties get) - получает информацию о расширении из информационной базы (имя, версия, безопасный режим, область действия и так далее);
Установить свойства расширения (config extensions properties set) - устанавливает параметры расширения в информационной базе.

https://wonderland.v8.1c.ru/blog/razvitie-rezhima-agenta-konfiguratora/

(1) Я так понимаю это только для EDT, в обычную конфигурацию клиенту я это не встрою, верно?

(2) там ссылка есть на https://wonderland.v8.1c.ru/blog/rezhim-agenta-konfiguratora/

Принцип работы
Для запуска конфигуратора в новом режиме используется ключ /AgentMode, а также ряд других вспомогательных ключей, определяющих настройки подключения. Сразу же, при запуске, указывается информационная база, с которой будет работать конфигуратор.

После запуска агента можно поочерёдно работать с этой информационной базой как запущенным агентом (с помощью ssh-команд), так и конфигуратором, запущенным в обычном режиме. Что значит поочерёдно?

Чтобы управлять конфигуратором из ssh-клиента, нужно сначала подключиться к информационной базе. Выглядит это очень просто:

designer>common connect-ib
Операция завершена успешно  
После этого можно выполнять любые другие ssh-команды.

(3)+ https://1c-programmer-blog.ru/platforma/rezhim-agenta-konfiguratora.html

как из командной строки (батника) отправлять команды по ssh?
putty -m "cmd_list.txt"

(4) буду изучать, впервые вижу это тему, спасибо