Дано:
1. Типовая конфигурация
2. Расширение, в нём справочник
3. Внешняя обработка, в ней запрос,  в том числе к этому справочнику.
Конфигуратор не видит объекты метаданных расширения. Как отлаживать такую обработку?

запрос отлаживать в режиме предприятия

Это жутко неудобно, а есть другие варианты?

(2) сделать эту обработку внутри расширения. А после того как будет отлажена, можно и во внешние перенести.

(3) Да, это хорошая мысль!