Пользуюсь CompareCfg. Если указываю конкретную версию хранилища все работает, но мне нужно именно последнюю. Или как можно программно узнать последнюю версию?

Есть запасной вариант выгрузить конфигурацию хранилища в файл и сравнивать с текущей, но может можно проще?

(0) вопрос закрыт. что бы сравнить с последней версией нужно указать "-1".  
Пример:
chcp 1251
"C:\Program Files\1cv8\8.3.10.2639\bin\1cv8.exe" designer  /S"1c-cl-app-dev/Test_Overalls" /N"Админ" /P123 /UC АвтоОбновлениеКонфигурации /ConfigurationRepositoryF"Z:\Хранилище" /ConfigurationRepositoryN"admin" /ConfigurationRepositoryP"1505" /CompareCfg -FirstConfigurationType MainConfiguration -SecondConfigurationType ConfigurationRepository -SecondConfigurationKey "-1" -IncludeChangedObjects -IncludeDeletedObjects -IncludeAddedObjects -ReportType Brief -ReportFormat txt -ReportFile "Z:\1.txt" /DisableStartupMessages /DisableStartupDialogs /OUT "Z:\Логи.txt"