Не понимаю почему по запросу нету записей.
Запрос = Новый Запрос;
    Запрос.УстановитьПараметр("Дата1", НачалоДня(ДатаНач));
    Запрос.УстановитьПараметр("Дата2", КонецДня(ДатаКон));
    Запрос.УстановитьПараметр("ВыбСчет",ПланыСчетов.Хозрасчетный.НайтиПоКоду("41.1"));
    Запрос.УстановитьПараметр("ВидыСубконто", Товары);
    Запрос.УстановитьПараметр("Склад", Склад);

    Запрос.Текст =
        "ВЫБРАТЬ
        |   ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Период как Период,
        |   ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Регистратор КАК Регистратор,
        |   ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Счет как Счет,
        |   ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Субконто1 как Субконто1,
        |   ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.Субконто2 как Субконто2,
        |   ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.КоличествоНачальныйОстатокДт,
        |   ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.КоличествоОборотДт,
        |   ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.КоличествоОборотКт,
        |   ХозрасчетныйОстаткиИОбороты.КоличествоКонечныйОстатокДт
        |ИЗ
        |   РегистрБухгалтерии.Хозрасчетный.ОстаткиИОбороты(
        |       &Дата1,
        |       &Дата2,
        |       Регистратор, ,
        |       Счет =&ВыбСчет,,субконто2=&Склад
        |       ) КАК ХозрасчетныйОстаткиИОбороты
        |  
        |УПОРЯДОЧИТЬ ПО
        |Период,
        |Регистратор";
        

    РезультатЗапроса = Запрос.Выполнить();

    Записи = РезультатЗапроса.Выбрать();

    Пока Записи.Следующий() Цикл

(0) Запрос.УстановитьПараметр("ВидыСубконто", Товары); //тут хрень

Комментируй условия, пока данные не появятся.

(1) не помогло

(2) да без условия склад заработало. А чем склад мешал

(4) например, тем что он может быть не вторым субконто, что в переменной "Склад" значение не того типа, либо пустое

(0) Счет =&ВыбСчет,,субконто2=&Склад после &ВыбСчет две запятые, одну убери