Создан отчет в СКД. В отчёте есть 2 варианта: Вариант 1 и Вариант 2. Работает только тот кто установлен по умолчанию - верхний.
Вариант 1 - вверху, значит работает Вариант 1 и только.
Вариант 2 - вверху, значит работает Вариант 2 и только.
У пользователя есть доступ к варианту отчета, меняются только наименования.

Отчет не внешний, а в составе конфигурации?

Включил в состав конфигурации. Управление производственным предприятием, редакция 1.3

Выполни обработку из состава БСП "ОбновлениеВспомогательныхДанных.epf"

Сначала в модуле менеджера отчета пропиши:

// СтандартныеПодсистемы.ВариантыОтчетов

// См. ВариантыОтчетовПереопределяемый.НастроитьВариантыОтчетов.
//
Процедура НастроитьВариантыОтчета(Настройки, НастройкиОтчета) Экспорт

    НастройкиОтчета.ОпределитьНастройкиФормы = Истина;
    НастройкиОтчета.РазрешеноВыбиратьВарианты = Истина;
    
    НастройкиВарианта = ВариантыОтчетов.ОписаниеВарианта(Настройки, НастройкиОтчета, "идентификатор варианта 1");
    НастройкиВарианта.Описание = НСтр("ru = 'наименование варианта 1'");

    НастройкиВарианта = ВариантыОтчетов.ОписаниеВарианта(Настройки, НастройкиОтчета, "идентификатор варианта 2");
    НастройкиВарианта.Описание = НСтр("ru = 'наименование варианта 2'");
    
    
КонецПроцедуры



потом открой  общий модуль ВариантыОтчетовПереопределяемый и впиши в процедуру НастроитьВариантыОтчетов свой код

Процедура НастроитьВариантыОтчетов(Настройки)
    ВариантыОтчетов.НастроитьОтчетВМодулеМенеджера(Настройки, Метаданные.Отчеты.имяТвоегоОтчетаВСоставеКонфигурации);
КонецПроцедуры


А уже потом выполняй эту обработку