В обычных формах есть платформенная функция сохранения значений.
Есть Отчет1 и есть Отчет2(который был создан копирование Отчет1).

Почему то при сохранении настроек в Отчете1 они становятся видны и подгружаются в Отчет2.
Как это механизм работает? к чему привязываются настройки - ИмяОтчета, ИмяФормы(все это менял не помогло)?

Настройки привязываются к идентификатору формы. Для того что бы настройки другого отчета не подгружались нужно скопировать форму, удалить форму источник, скопированную форму прописать как основную форму отчета.