В регистр накопления остатков и оборотов обработкой выполняется за данных. На время загрузки итоги в регистре отключаются. После загрузки итоги включаются.
Вопрос: будут ли корректные остатки и обороты в виртуальных таблицах и будут ли пересчитаны автоматически итоги и когда?

Во время включения итогов идет их пересчет.

http://1sprogress.ru/anatomiya-registra-nakopleniya-virtualnaya-tablica-oboroty.html
Интересен тот факт, что если для регистра накопления отключить использование итогов, то тогда запрос к виртуальной таблице «Остатки» станет невозможным. Будет появляться такая ошибка:

Пару раз была ситуация, что итоги неправильные. С чем это может быть связано? Есть ли какое то регламентное задание по пересчёту итогов?

(2) да я в курсе

(3) Стандартная обработка управления итогами в пользовательском режиме + в БСП есть реглиментное задание, не оно случаем?

Не знаю, есть какое то задание, но что за итоги оно пересчитывает не разбирался