1С:Предприятие 8.3 (8.3.12.1529)
Зарплата и управление персоналом, редакция 3.1 (3.1.6.38)

Ситуация такая - за неделю уже дважды запускал ТиИ, так как не считался верный оклад у сотрудника.
С базой в конфигураторе ничего не делал за это время, динамически не обновлял, вообще конфигуратор не трогал.
Сегодня считает на следующий день утром нет, ничего не меняя запускаю ТиИ - начинает считать.
В чем может быть причина?

Табель есть проведенный?

(1) есть

Сотрудники и ситуация разные, решение одно

В ЗУП 3.1 есть хитрая технология, что некоторые движения по табелю формируются в момент расчета зарплаты (!).
Возможно, в ситуации, когда все считается верно, у вас как раз и происходит формирование движений по табелю.
Затем в результате работы программы (в том числе и за счет ошибок в ней) эти движения немного повреждаются.
Потом, вы запускаете повторный расчет зарплаты, программа видит, что движения по табелю есть (она не анализирует их на корректность) - в результате оклад посчитан неверно.
Когда вы делаете ТИИ программы эти некорректные движения чистит и оклад у вас снова считается верно.
Попробуйте отменить проведение табелей и посчитать зарплату.

Для чего вы формируете в программе документы "Табель"? Может быть они не нужны?

Еще релиз ЗУП 3.1.6.38 очень старый. Судя по багборд, в нем зарегистрировано 681 ошибка.
Раз не стали оставаться на релизах 3.1.5, то переходите уж на 3.1.8.185. Там "всего" 370 ошибок.

(4) По сотрудникам у которых не считался оклад табель не введён.

(6)Тогда отладчиком можно посмотреть в чем причина.

Попробуйте ещё кэш почистить

(8) всё делал происходит такая хрень и всё