В каких объектах конфигурации лучше сохранять настройки по умолчанию (например: организация по умолчанию, склад по умолчанию и т.д.). На ум приходит регистр сведений, но увидев в конфигурации «хранилище настроек» возникли сомнения. Как правильно сделать? В чем хранятся подобные настройки типовых конфигураций?

В современных - нигде не хранятся, а определяются программно, как "наиболее часто используемые". А так да, в регистре сведений хранились

(1) а как это реализовано, в "2х словах"?