В документе Премии в таблице начислений расходятся сумма итого по НДФЛ и реальным итого по ячейкам таблицы.
То есть в самой таблице начислений суммы НДФЛ считаются правильно, итого по полям суммы премии и удержаний считаются верно. Но как оно считает итого по НДФЛ не понятно. Откуда оно берет эти данные?

Отбой. Бух удалила из таблицы начислений сотрудника, и забыла об этом. А в таблице НДФЛ удержание осталось.