Правильно ли я понимаю, что если служба агента сервера 1С запущена от имени пользователя, то кэш сервера хранится в профиле этого пользователя?

посмотри C:\Program Files\1cv8\srvinfo\reg_1541

(0) Да.
(1) Там инфа с ЖР, настройками кластера, список БД кластера и т.д.

(1) у меня там точно не кэш.

(2) + посмотри еще в настройках винды, где темпы располагаются.

Мы чистим кеши сервера вот таким вот скриптиком (см. ниже).
Служба работает у нас по пользователем Admin_1C. У вас он наверняка как-то по-другому называется. Соответственно переменная TEMP_1C_PATH будет у вас иметь другое значение, а не "C:\Users\Admin_1C\AppData\Local\Temp".
Имя службы надо будет поменять, если у вас 32-хбитный сервер, а не 64-х.
Переменная CNTX_PATH по умолчанию тоже имеет другое значение - обычно реестр кластера серверов 1С лежит в c:\Program Files\1cv8\srvinfo\ (у нас он перенесен на диск F).


set LOG_FILE="scripts.log"
set SERVICE_1C_NAME="1C:Enterprise 8.3 Server Agent (x86-64)"
set SERVICE_RAS_NAME="1C:Enterprise 8.3 Remote Server"
set CNTX_PATH="F:\srvinfo\reg_1541"
set PFL_PATH="C:\ProgramData\1C\1cv8"
set TEMP_PATH="C:\Windows\Temp"
set TEMP_1C_PATH="C:\Users\Admin_1C\AppData\Local\Temp"
echo stop %DATE% %TIME% >> %TEMP_PATH%\%LOG_FILE%
sc stop %SERVICE_1C_NAME%
sc stop %SERVICE_RAS_NAME%
timeout 5
taskkill /f /im "rphost.exe"
taskkill /f /im "rmngr.exe"
taskkill /f /im "ragent.exe"
taskkill /f /im "ras.exe"
timeout 5
echo done stop %DATE% %TIME% >> %TEMP_PATH%\%LOG_FILE%
echo clean temp %DATE% %TIME% >> %TEMP_PATH%\%LOG_FILE%
DEL /Q /F /S %CNTX_PATH%\snccntx*
DEL /Q /F %PFL_PATH%\*.pfl
DEL /Q /F /S %TEMP_PATH%\*.*
DEL /Q /F /S %TEMP_1C_PATH%\*.*
echo done clean temp %DATE% %TIME% >> %TEMP_PATH%\%LOG_FILE%