Можно через левое внешнее соединение, но проще через условие, типа:
Выбрать Спр.Ссылка
из Справочник.Номенклатура как Спр
Где НЕ Спр.Ссылка В (Выбрать различные рег.Номенклатура из РегистрНакопления.ТоварыОрганизаций как рег)
Возможно имеется в виду выбрать те, которые есть на остатках
Тогда нужно сеединять
РегистрНакопления.ТоварыОрганизхаций.Остатки
и РегистрНакопления.ТоварыОрганизхаций.Обороты
Требовать и эффективности, и гибкости от одной и той же программы — все равно, что искать очаровательную и скромную жену... по-видимому, нам следует остановиться на чем-то одном из двух. Фредерик Брукс-младший