Выяснила что это не как не связано с настройками пользователей. И такой момент. Нашла очень старую обработку которую я не трогала, она тоже не открывается в отдельном окне! Остается один вариант что это на уровне 1с происходит.
В общем все решилось, ппц конечно времени ушло вагон. На объекте внешней обработки не стояло галки "Основной объект"!!!
Я не хочу быть самым богатым человеком на кладбище. Засыпать с чувством, что за день я сделал какую-нибудь потрясающую вещь — вот что меня интересует. Стив Джобс