Если справочник, к примеру Склады.
В одной базе там 20 элементов
В другой базе 2 элементам.

В одной базе аналитика ведется по множеству фиктивных складов.
В бухгалетрии их там 2-3
У меня есть соответсвия какие склады из источника на какие склады из приемника должны меняться при переносе.

Где мне это соответсвие задать?
В ПКО документа? (их много видов документов где склады используются)
Или как то в ПКО справочника Склады?

Или я подумал, возможно можно как то в ПКЗ у ПКО справочника такое провернуть?

В ПКО складов.
Если Условие1 Тогда
  Значение = "Склад1";
ИначеЕсли Условие2 Тогда
  Значение = "Склад2";
...

Если в правилах хочешь соответствие задать, то для справочника в ПКС "Наименование" в событии "Перед выгрузкой":

Если Источник.Наименование = "НаименованиеВИсточнике1" ИЛИ
Источник.Наименование = "НаименованиеВИсточнике1" ИЛИ... Тогда
    
Значение = "НаименованиеВПриемнике";    
    
КонецЕсли;

и назначь поле "Наименование" полем поиска.

Но что делать если добавятся новые склады, редактировать правила будешь?

(3) Добавлю, иначе и пусть все новые в один склад попадают

спасибо