Первый вариант работы - http://joxi.ru/D2P6GoKsNEy0r3
Второй вариант работы - http://joxi.ru/1A5Rvk5s8x5nrE

Т.е. во втором убрали "Субконто2" и часть сумм просто исчезает.
Запрос в консольке ведет себя адекватно - все выводит.

Упростил запрос до некуда. Условие по кодам от лени, но, думаю, не оно влияет. Проверял

ВЫБРАТЬ
    ЕПСБУОстатки.Учреждение,
    ЕПСБУОстатки.КБК КАК КПС,
    ВЫБОР
        КОГДА ЕПСБУОстатки.Счет.Код = "208.12"
            ТОГДА &КЭК212
        КОГДА ЕПСБУОстатки.Счет.Код = "208.22"
            ТОГДА &КЭК222
        КОГДА ЕПСБУОстатки.Счет.Код = "208.26"
            ТОГДА &КЭК226
    КОНЕЦ КАК КЭК,
    -ЕПСБУОстатки.СуммаОстаток КАК Кредиторская,
    ЕПСБУОстатки.Субконто2
ИЗ
    РегистрБухгалтерии.ЕПСБУ.Остатки(&Период, Счет В (&Счет208), , ) КАК ЕПСБУОстатки

В ресурсах что?

(1) числа. Null не присутствует

в выборке нет ветки Иначе.

(3) там только три счета, ограничение по Счет В (&Счет208)

(3) и при включении Субконто2 в группировки - все выдается
Консоль запросов опять же выдает все верно

Галка "обязательное"

(6) это в параметрах?

(6) в конструкторе для таблицы по умолчанию указано, что она обязательная в СКД...

Все, тема закрыта
В свойствах измерения

(2) покажи на картинке содержимое вкладки

Там еще веселей оказалось...

Приведенный запрос это временная таблица в большом запросе, в итоге Субконто2 пришлось тащить до самого последнего запроса, иначе не выводились суммы...