Запрос.УстановитьПараметр("КонПериода",Новый Граница(КонецДня(Объект.ПериодКонец), ВидГраницы.Включая));
    Запрос.УстановитьПараметр("КонПериода2",Новый Граница(КонецМесяца(Объект.ПериодКонец), ВидГраницы.Включая));

В запросе использую ВТ "Остатки" и "Обороты"

Правильно ли границу обозначил?

Вроде бы правильно, где может быть ошибка: при выполнении запроса через консоль у меня данные правильные, а через обработку другие?

в консоли ты, скорее всего, явно задаешь границы периода, а при выполнении обработки у "Объект" точно присутствует значение "ПериодКонец"?

Да, смотрю через отладчик все подставляется.

Ради эксперимента задай конкретную дату в обработке, а не через "объект"

(2) а ты в консоле границу задал или дату?

ёпрст, я же в консоле ставлю 31.01.15 23 59 59 а там без границы, ставлю 01.02.15 00 00 00 все сходиться!

(6) вот вот)