Как сделать, чтобы пользователю на выбор предлагались только счета, у которых среди субконто есть необходимые мне. Напирмер, только счета с субконто "Контрагенты" и "Договора", ну и может быть любые другие.
Платформа, может быть, позволяет такое? А УФ?

Как работает отбор по видам субконто в параметрах выбора? И вообще, работает ли?)

Запросом найти счета с нужным набором видов субконто. Открыть план счетов с отбором Ссылка-ВСписке-НайденныеСчета.
Прокатит?

рисуй свой список выбора с нужным отбором

(2) +1 или так