Допустим делаю запрос по ОстаткиИОбороты и задаю период:
Запрос.УстановитьПараметр("НачДата",Новый Границы(НачалоДня(НачаДата),ВидГраницы.Включая);

Запрос.УстановитьПараметр("КрнецДата",Новый Границы(КонецДня(НачаДата),ВидГраницы.Включая);

Допустим я захотел получить аналогичный результат Остатки (на начало) и Обороты и посчитать Конечные остатки через начало+обороты.

Какие должны быть параметры границы (включая/Исключая) для отборов по Остатки и Обороты, чтобы результата совпал с ОстаткиИОбороты?

Остатки на дату &Дата не включают дату.
Запрос вырождается в условие, что Период<&Дата.
Таким образом, вполне достаточно получить остаток и объединить с физической таблицей оборотов.

тпкие же, а зачем?

> Остатки на дату &Дата не включают дату.

Так:
Запрос.УстановитьПараметр("НачДата",Новый Границы(НачалоДня(НачаДата),ВидГраницы.Исключая);

?