Как правильно ограничить выгрузку только по одной организации?Из УТ в БП, документы типовые, пробовал через параметры но муторно и не везде срабатывает

ПередВыгрузкойОбъекта для конвертации проверяй на документ и организацию.

(1) делал так, но почему то и вторая организация выгружалась или вообще документы выгружались с пустой организацией

(2) Это зависит от кривости рук. Вообще в типовых можно задавать ограничение по организации для узла плана обмена.