У сотрудника был отпуск, на него заплатили ПФР, в след. месяце он принес больничный, пересчитали ПФР стал меньше. Теперь в обработку подготовка данных для ПФР выгружается минус и не дает сохранить файл. Удалениетоже не помогает. Кто-нибудь подскажет что сделать?

Если всё в пределах одного отчетного периода - руками поправь базы начислений в РСВ-1 и в инд.сведениях так, чтобы отрицательных сумм начислений не было.
Если 1 квартал задели - можно попробовать добавить пачку с корректировкой за 1 квартал по этому сотруднику.