Запрос.Текст = "ВЫБРАТЬ
   |    ТоварыНаСкладахОбороты.Склад.Подразделение КАК Подразделение,
   |    СУММА(ТоварыНаСкладахОбороты.Номенклатура.ЕдиницаХраненияОстатков.Коэффициент * ТоварыНаСкладахОбороты.КоличествоРасход) КАК Количество
   |ИЗ
   |    РегистрНакопления.ТоварыНаСкладах.Обороты(
   |            &Дата1,
   |            &Дата2,
   |            Регистратор,
   |            Номенклатура В ИЕРАРХИИ (&Ветка)
   |                И Склад.Подразделение В (&Цеха)) КАК ТоварыНаСкладахОбороты
   |ГДЕ
   |    ТоварыНаСкладахОбороты.Регистратор.СкладПолучатель = &Склад
   |
   |СГРУППИРОВАТЬ ПО
   |    ТоварыНаСкладахОбороты.Склад.Подразделение";

Нужно получить данные по дням. Если ставлю Периодичность "День", то куда добавить отбор по Регистратору?

(0) А отбор по складу в параметры виртуальной таблицы никак?

КАК?
И Регистратор.СкладПолучатель = &Склад)

(2) У тебя что, реквизит документа в движения по регистру не пишутся что ли?

(0) Если нет измерения "СкладПолучатель" тогда как вариант выбрать с отбором, и свернуть по периоду "НачалоПериода ДЕНЬ".

(0)выбирай день регистратора и итоги по дню.

(0)
на некоторых версиях 1с8 и субд Ваш запрос будет вызывать ошибку, тк  ТоварыНаСкладахОбороты.Регистратор.СкладПолучатель

приведет к избыточному перемножению таблиц.