Включил пользователю все галочки в профиле групп доступа. Сохранил. Смотрю в конфигураторе, у него нет ни одной роли. Ну и конечно не пускает в базу. Это из-за чего такое может быть?

"все галочки" в смысле врубил все роли какие есть

Не лень было все галочки крыжить?

Там же есть "Полные права" вроде. А по сабжу, тоже сталкивался с такой проблемой.

(2) там есть "пометить всё". Полные права в профиле групп доступа не видны

Если добавлял новую роль в конфигурацию, то приходилось потом запускать ОбновитьПараметрыРаботыПрограммы(). Процедура лежит в стандартныеподсистемы переопределяемый.Иначе и правда не переносит галки в пользователя.
Может здесь тоже что-то похожее. Кстати, про это должна писать ошибку в журнал регистрации, проверьте.

(5) да роль не добавляли.

(0) флаг "доступ к ИБ разрешен" в карточке пользователя стоит? ))). не стоит ли галка "недействителен"?

(7) у всех пользователей стоит первая и не стоит последняя.