Запускается из bat-ника 1с с параметром /out%LogFile%. Долгое время сообщения из 1с благополучно попадали в %LogFile%, теперь перестали. Файл очищается (или создается), но сообщения туда не записываются.
Не зависит от базы, платформы 1с, пользователя 1с и винды.
Нашли зависимость только от компа.

Кто сталкивался с такой проблемой? Какое нашли решение?

(0) вирус
права

(1) права полные, да никто их и не менял.
Вирус? Сомнительно, но проверим.

Из конфигуратора файл с логом записывается.

(0) Файл не в корень диска пытается писаться?

(3) нет, не в корень.