ВЫБРАТЬ
    ТабличнаяЧастьДокумента.Реквизит1.Реквизит2,
    ТабличнаяЧастьДокумента.Ссылка.Реквизит3
ИЗ
    Документ.ИмяДокумента.ИмяТабчасти КАК ТабличнаяЧастьДокумента
ГДЕ
    ТабличнаяЧастьДокумента.Реквизит1.Реквизит2.Реквизит4 = Ложь
    И ТабличнаяЧастьДокумента.Ссылка.Дата МЕЖДУ &Д1 И &Д2

Данного типа документов очень много и запрос долго выполняется.
Хотя если выбирать просто документы (а не табчасти) за период то быстро.

Можно-ли переделать данный запрос, чтобы быстрее выполнялся?

(0) сделай Рг

Каждая точка в предложении выбрать это по сути соединение с другой таблицей. Думай, может явно описать соединение будет выгоднее.

внутреннее соединение и индексы где-то вот тут Реквизит1.Реквизит2.Реквизит4 спасут. А ежели там составной тип, то еще надо явно тип выразить