как обновить настройки скд после программного изменения запроса?

Добавил бы в ручную но их имена до появления в скд неизвестно.

ап

(0) никак). сноси настройки пользователя, т.к. новые поля в них не появятся сами
или проверяй настройку при компоновке. Если старая, то добавляй при компоновке данных новые поля, отборы и т.п.