Пишу:
   ОтчетОбъект = РеквизитФормыВЗначение("Отчет");
   СхемаКомпоновкиДанных = ОтчетОбъект.ПолучитьМакет("Основной");
   Если ВидОтчета="Основной" Тогда
       Настр=СхемаКомпоновкиДанных.ВариантыНастроек[0];
   Иначе
       Настр=СхемаКомпоновкиДанных.ВариантыНастроек[1];
   КонецЕсли;
   КомпоновщикНастроекДанных = Новый КомпоновщикНастроекКомпоновкиДанных;
   КомпоновщикНастроекДанных.Инициализировать(Новый ИсточникДоступныхНастроекКомпоновкиДанных(СхемаКомпоновкиДанных));
   КомпоновщикНастроекДанных.ЗагрузитьНастройки(Настр.Настройки);
   КомпоновщикНастроекДанных.ЗагрузитьПользовательскиеНастройки(ОтчетОбъект.КомпоновщикНастроек.ПользовательскиеНастройки);
   
   Табдок.Очистить();
   НастройкиКомпоновщикаНастроек = КомпоновщикНастроекДанных.ПолучитьНастройки();
   
   ДанныеРасшифровки = Новый ДанныеРасшифровкиКомпоновкиДанных;
   
   КомпоновщикМакета = Новый КомпоновщикМакетаКомпоновкиДанных;
   МакетКомпоновки = КомпоновщикМакета.Выполнить(СхемаКомпоновкиДанных,НастройкиКомпоновщикаНастроек,ДанныеРасшифровки);
   
   ПроцессорКомпоновкиДанных = Новый ПроцессорКомпоновкиДанных;
   ПроцессорКомпоновкиДанных.Инициализировать(МакетКомпоновки);
   ПроцессорВыводаРезультатаКомпоновкиДанныхВТабличныйДокумент = Новый ПроцессорВыводаРезультатаКомпоновкиДанныхВТабличныйДокумент;
   ПроцессорВыводаРезультатаКомпоновкиДанныхВТабличныйДокумент.УстановитьДокумент(Табдок);
   
   ПроцессорВыводаРезультатаКомпоновкиДанныхВТабличныйДокумент.Вывести(ПроцессорКомпоновкиДанных);    

При первом варианте отчета - все Ок.
При втором - не применяются пользовательские настройки
ЧЯДНТ?

ОтчетОбъект попробуй новый делать каждый раз.

up

Выходит, что пользовательские настройки применяются только к первому в списке варианту

Посмотри что у тебя вообще в этих настройках.

В этих настройках отбор и период

Откуда происходит программное формирование?