Можно ли настройками где-то сделать, чтобы в форме подбора номенклатуры, на РМК, были только те записи, по которым есть остатки?

Если нельзя настройками, как лучше допилить?

Розница 1.

ап

ап

(2) Допили в том месте модуля, где добавляется номенклатура в форму подбора номенклатуры

Ну если в форме подбора можно указать подбор не по справочнику, но по остаткам тогда - да

(3), там СправочникСписок

найди где формируется список доступных отборов.
там должно быть что-то типа

//-
СписокЗапросов.Добавить(,"По справочнику");

добавь такое:

//-
СписокЗапросов.Добавить("ОстаткиНоменклатуры", "По остаткам номенклатуры");