Собственно,вопрос в том, как гарантировать, что одна подписка отработает раньше другой если они подписаны на одно и то же событие?

ИМХО, повлиять на это не получится. Можно попробовать установить закономерность экспериментальным путем и пользоваться (но очень осторожно, т.к. нету гарантии, что в следующем релизе платформы закономерность не поменяется).
Я бы постарался избегать таких вариантов.

Экспериментальным путем уже вычислил, причем случайно. Все работает как надо, моя подписка отрабатывает позже типовой. Но я даже не знал что она там есть, а теперь выяснилось что движения документа формируются в типовой подписке, а моя подписка отрабатывает позже и только поэтому я в своей подписке получаю движения документа. Если порядок изменится все накроется медным тазом. Ладно придется теперь поставить этот вопрос на контроль.

(0) Ответ 1С сводится к тому, что алгоритм подписок должен быть таков, чтобы результат не зависле от порядка вызова, инчае это не правильный алгоритм снепредсказуемым результатом.

2(2) обнаружил что очередность зависит от сортировки подписок в конфигураторе (более позже созданную можно поднять вверх и она станет выполняться раньше) но это на файловой так...
кстати, все равно нужно проверить, может я неправильно помню

(4) встречал вариант когда какая раньше подписка создана такая и выполняется первой, по внутренним идентификаторам может как то...
но в общем да - не должна очерёдность влиять на результат

2(5) просто в конфигураторе их очередность согласно порядку создания(обычно).. но ее можно поменять