Если несовпадают остатки товара на  41.01 в бухгалтерии и в в ведомости торговли.Как сделать чтоб совпадали ?

ведомость торговли - это что такое?

(1) ведомость товаров на складах

причин может быть ОЧЕНЬ много.

рассказывай, что уже делалось для выявления расхождений.
и как давно стали расходится данные

(3) +1

(0) продажи в "черную", оформление возвратов, не восстановлена последовательность,......

расхождения появились  квартал назад,и исправить их  в прошлом квартале не можем потому период закрыт и отчетность сдана.Исправить можем  только в текущем квартале

я думаю только документом инвентаризация

(5) см (3) : "рассказывай, что уже делалось для выявления расхождений"?

(6) воруют?

(9) видно забыли документ провести, или не так выгрузили из торговли

общая технология выявления косяков такова: разбиение, разбиение, и ещё раз разбиение.

посмотреть раздельно по складам (если их несколько), выявить проблемный склад
посмотреть раздельно по крупным группам товаров, выявить проблемные
дату расхождения выявлять методом бинарного поиска

понятно