Добрый вечер,
структура подчиненности не отображает подчиненные документы
(были введены на основании). как можно исправить?

Документы типовые?

смотри в каких реквизитах они связываются. Смотри критерий отбора учавствует ли этот рекизит в связности.

Если не типовые - то в конфигураторе КритерииОтбора -> СвязанныеДокументы

(1) нет

(4) и чего правда веришь, что документы между собой телепатически связываются?

(4) В документе, введенном на основании должен быть реквизит ссылка на документ-основание.

на основе нетипового документа ввожу Платежное поручение исходящее. как док основание ему указываю нетиповой. в критериях отбора галочка стоит.
не показывает структура подчиненности.

(7) а реквизит то хоть какой нибудь заполняется при этом?

(8) заполняется, что я указала - основание, контрагент, договор...

Неудачник

Надо свои нетиповые документы добавить в объект КритерийОтбора "Связанные документы"