Объясните по человечески почему один и тот же документ в каждом месяце делает разные проводки? то с 99.01.1 на 90.09, то с 90.09 на 99.01.1, бухгалтер говорит, что всегда должны делаться проводки с 99.01.1 на 90.09,прикладываю скриншот http://savepic.net/1760654.jpg

На скрине видно что проводки отличаются порядком субконто: Прибыль убыток от продаж и <...>.

это же теория бухучета. Дт 99.1 Кт 90.9 - убыток,
Дт 90.9 Кт 99.1 - прибыль

учите матчасть, это проводки определения финансового результата деятельности организации